مهمترین اهداف مرجعیت:

· ارتقاء و تسهیل همکاری‌های علمی و فنی مرتبط با تنوع زیستی در سطوع محلی و ملی با حوزه‌های منطقه‌ای و بین‌المللی.

· ایجاد سازوکار لازم برای دسترسی به اطلاعات، دانش نوین و فناوری‌های مرتبط مورد نیاز برای فعالیت و مشارکت موثر ذی‌نفعان مختلف کشور در حوزه تنوع زیستی.

· تصمیم‌سازی بهتر و موثرتر در حوزه اهداف و چارچوب‌های کنوانسیون تنوع زیستی به منظور حفظ منافع ملی.

· تقویت همکاری علمی و فناوری با کشورهای عضو کنوانسیون در حوزه‌های مختلف تحت پوشش کنوانسیون.

· برقراری و تقویت رابطه علمی با سایر کنوانسیون‌ها و سازمان‌های تخصصی بین‌‌‎المللی مرتبط و زیرمجموعه سازمان ملل متحد.

· انتقال فناوری، مهارت‌افزایی، آموزش و آگاهی‌بخشی در ارتباط با تنوع زیستی در سطوح ملی، منطقه‌ای و بین‌المللی.

· به حداقل رساندن موازی‌کاری در بین مراجع تخصصی، دستگاه‌های اجرایی و کلیه نهادهای دخیل در فرایند حفاظت و بهره‌برداری پایدار از تنوع زیستی در کشور.

· ایجاد سازوکار لازم و تشکیلات مورد نیاز برای تبادل و یکپارچه‌سازی اطلاعات در سطح ملی و در پی آن سطح بین‌المللی.

· راه‌اندازی شبکه انسانی و فناوری در حوزه تنوع زیستی در سطح ملی.

· برگزاری هم‌اندیشی‌ها، کارگاه‌های آموزشی و سخنرانی‌های تخصصی با هدف معرفی جدیدترین رویکردهای علمی در حفاظت و بهره‌برداری پایدار از تنوع زیستی.